При перегляді знімків Юпітера може здатися, що його хмари утворюють плоску поверхню, але це не так. Деякі з них піднімаються над довкільними хмарними вершинами. Наприклад, дві яскраві плями правіше від центру зображення набагато вище оточуючих хмар.
Атмосфера Юпітера — барвиста, хаотична суміш потоків і вихорів. Завдяки космічному апарату НАСА «Юнона» ми знаємо, що закручені хмари Юпітера можуть простиратися вглиб планети до 3000 км.
Атмосфера Юпітера — найглибша з усіх планет Сонячної системи. Юпітер не має твердої поверхні, але вважається, що його атмосфера закінчується в точці, де тиск досягає 100 кПа (1,0 бар). Хоча те, що вчені називають хмарним шаром, може мати глибину всього близько 50 км, атмосферні смуги Юпітера можуть тягнутися набагато глибше.
Атмосфера і внутрішня структура Юпітера дуже складні. Те, наскільки глибоко простягаються шторми Юпітера, було загадкою протягом десятиліть. «Юнона» змогла виміряти їх за допомогою інструменту Gravity Science.