Звичайні алгоритми розшифровки ДНК спираються на ідею, що велика кількість копій нитки ДНК можна розбити на безліч дрібних фрагментів, які при цьому частково перетинаються один з одним. Але в такому випадку для розшифровки треба багато обчислювальних ресурсів.
Автори нової роботи вирішили переробити алгоритм, щоб він не вимагав таких високих потужностей при обчисленні. Вони створили математичну теорію, за допомогою якої геном можна закодувати у вигляді набору з тих послідовностей, що часто зустрічаються, з декількох букв-нуклеотидів, а не одиничних ланок.
За допомогою нового підходу можна зробити процес розшифровки швидшим і склеїти фрагменти ДНК, які частково збігаються. В результаті автори використовували менше комп’ютерної пам’яті для аналогічних обчислень.
“Наш підхід працює, навіть якщо у вихідному матеріалі міститься до 4% помилок. Укупі зі здешевленням машин для секвенування це відкриває дорогу для демократизації генетичного аналізу” – стверджує Бонні Бергер, професор Массачусетського технологічного інституту й один з авторів дослідження.
Під час експерименту автори спробували розшифрувати ДНК людини. Процес складання людського геному зайняв всього 10 хвилин і зажадав близько 10 гігабайтів оперативної пам’яті,
Натхнення: hightech.fm